2.5 冷激蛋白質(zhì)的結構特征

為更強掌握冷激蛋白質(zhì)潛在性的微生物作用，剖析其蛋白質(zhì)的空間布局。將海產(chǎn)品腐壞希瓦氏菌冷激蛋白質(zhì)的碳水化合物編碼序列遞交到PSＩPRED預測分析其二級結構，結果見(jiàn)圖4。典型性的冷激蛋白質(zhì)的二級結構包括五個(gè)β伸縮，預測分析獲得的二級結構與這一結果大概相符合，Csp1589和Csp1376二級結構的最后一個(gè)β伸縮發(fā)生斷塊，這可能是天冬酰胺預測分析真實(shí)度太低而致。

將冷激蛋白質(zhì)的氨基酸序列遞交SWＩSS-MODEL網(wǎng)址，依據編碼序列相似度及實(shí)體模型品質(zhì)各自選擇1mjc的A鏈、5xv9的A鏈、3i2z的B鏈做為Csp1589、Csp1376和Csp2252的模版模型。隨后，用PROCHECK和verify3D對所建三級實(shí)體模型開(kāi)展品質(zhì)評定。搭建的腐壞希瓦氏菌冷激蛋白質(zhì)三級構造都包括五個(gè)反方向平行面的β鏈，其產(chǎn)生了一個(gè)桶狀構造，合乎冷激蛋白質(zhì)的已經(jīng)知道特點(diǎn)。由拉氏構像圖可看得出，針對Csp1589蛋白質(zhì)實(shí)體模型，碳水化合物處在有益地區、附加容許地區、一般容許地區及其不允許地區的量分別為88.9%，11.1%，0%和0%。針對Csp1376型蛋白質(zhì)實(shí)體模型，相匹配值各自為92.7%，7.3%，0.0%和0.0%。針對Csp2252型蛋白質(zhì)實(shí)體模型，相匹配值各自為96.1%，3.9%，0.0%和0.0%，碳水化合物所有處在有益地區和附加容許地區，實(shí)體模型品質(zhì)不錯。在Ｖerify3D結果中，針對Csp1589、Csp1376和Csp2252實(shí)體模型，均分≥0.2的碳水化合物的量分別是和100%，89.86%和100%，均分≥0.2的碳水化合物的量做到80%就覺(jué)得蛋白質(zhì)三級實(shí)體模型是符合標準的，因而，以verify3D結果看來(lái)，這3個(gè)實(shí)體模型均具備不錯的品質(zhì)。

2.6 冷激蛋白質(zhì)的互作蛋白質(zhì)及配位融合結構域剖析

運用STRＩNG和COACH網(wǎng)址對腐壞希瓦氏菌冷激蛋白質(zhì)開(kāi)展剖析，獲得如圖所示6所顯示與其說(shuō)密切功效的蛋白和不確定性的配位融合結構域。針對腐壞希瓦氏菌冷激蛋白質(zhì)Csp1589、Csp1376和Csp2252，STRＩNG各自檢驗到5，4，10個(gè)與其說(shuō)相互影響的蛋白質(zhì)（圖6）。與冷激蛋白質(zhì)Csp1589存有相互影響的蛋白質(zhì)是組氨酸蛋白激酶（ABP76854.1）、甲谷丙轉氨酶（ABP75296.1）、DNA聚合酶1（polA）、多用途融合蛋白（trpC）、伴侶蛋白（htpG）。與冷激蛋白質(zhì)Csp1376存有相互影響的蛋白質(zhì)是組氨酸蛋白激酶（ABP76854.1）、DNA聚合酶1（polA）、多用途融合蛋白（trpC）、伴侶蛋白（htpG）。與冷激蛋白質(zhì)Csp2252存有相互影響的蛋白質(zhì)是依靠ATP的Clp胰蛋白酶（ABP75948.1）、依靠ATP的Clp胰蛋白酶兼容蛋白質(zhì)（ClpS）、組氨酸蛋白激酶（ABP76854.1）、DNA聚合酶1（polA）、多用途融合蛋白（trpC）、組氨酸硫酸銨氨谷丙轉氨酶（hisC）、硫酸銨庚糖異構酶（gmhA）、帶有CBS結構域的蛋白質(zhì)（ABP76571.1）、氮管控蛋白質(zhì)PtsN（ABP74443.1）、伴侶蛋白（htpG）。在其中組氨酸蛋白激酶是一個(gè)磷酸化組氨酸傳統殘基的訊號傳輸酶大家族，參加組成組份數據信號傳輸系統軟件。組份數據信號傳輸系統軟件能夠磁感應環(huán)境破壞，解決環(huán)境破壞造成的負面影響，研究表明一些組份信號轉導系統軟件參加了病菌的超低溫融入全過(guò)程，推斷腐壞希瓦氏菌冷激蛋白質(zhì)與體細胞對挫折的融入相關(guān)。DNA聚合酶是DNA復制的關(guān)鍵酶，冷激蛋白質(zhì)很有可能與DNA復制相關(guān)。冷激蛋白質(zhì)做為一種伴侶蛋白，很有可能與伴侶蛋白htpG存有競爭關(guān)系。從研究結果顯示可推斷相比Csp1589和Csp1376，腐壞希瓦氏菌冷激蛋白質(zhì)Csp2252的作用很有可能更加繁雜。在很多主要的生命活動(dòng)中，蛋白質(zhì)功能的實(shí)行取決于蛋白與配位的相互影響，針對蛋白配位融合結構域的預測分析具備關(guān)鍵的實(shí)際意義。比如：把小分子水放進(jìn)目地蛋白質(zhì)的配位融合結構域，提升配位構像和部位，使之和目地蛋白質(zhì)有最好的融合功效，就會(huì )有很有可能發(fā)覺(jué)抑止該蛋白質(zhì)的化學(xué)物質(zhì)。針對腐壞希瓦氏菌冷激蛋白質(zhì)Csp1589、Csp1376和Csp2252，其各自預測分析到2，2，一個(gè)概率較高的配位融合結構域（圖6）。

3 結果

冷激蛋白質(zhì)是分析病菌超低溫融入的重要蛋白質(zhì)之一。本科學(xué)研究取得成功增加了海產(chǎn)品腐壞希瓦氏菌的3個(gè)冷激蛋白質(zhì)遺傳基因，并對其開(kāi)展生物信息學(xué)剖析，得到蛋白質(zhì)理化性質(zhì)、構造和作用領(lǐng)域的有關(guān)進(jìn)度。腐壞希瓦氏菌冷激蛋白質(zhì)均為親水性的小分子水酸堿性蛋白，皆坐落于細胞核，為非代謝型、非跨膜蛋白，都存有冷激蛋白質(zhì)獨有的冷休克結構域，存有DNA融合結構域和RNA融合基序（motif），能與單鏈DNA和單鏈RNA融合。腐壞希瓦氏菌冷激蛋白質(zhì)Csp1589和Csp1376與大腸埃希菌冷激蛋白質(zhì)CspA親緣關(guān)系較近，很有可能在腐壞希瓦氏菌超低溫融入全過(guò)程中起主要功效。冷激蛋白質(zhì)的二級結構和三級構造均合乎冷激蛋白質(zhì)大家族的特點(diǎn)，其靠譜的三級實(shí)體模型可用作各種各樣連接和藥品靶向治療科學(xué)研究。根據蛋白質(zhì)互作和配位融合結構域的剖析，對其作用有深入的掌握，為事后認證冷激蛋白質(zhì)在腐壞希瓦氏菌超低溫融入全過(guò)程中的作用，及其海產(chǎn)品中腐壞希瓦氏菌冷激蛋白質(zhì)緩聚劑的挑選打下基礎。